В логово черепашек вваливается избитый Кейси, он рассказывает, что ему досталась от отца алкаша. Импульсивный Рафаэль срывается с места, он намерен проучить ублюдка. В страхе за своего сына, мастер Сплинтер отправляется за ним. В это время Караи, внучка Шреддера, проходит изнурительные и жестокие тренировки. Всякий раз она одерживает победу над ордами ниндзя, однако Шреддеру этого мало. Тренировка не закончится до тех пор, пока учитель не посчитает ее готовой.

Учитель Сплинтер ставит перед Рафаэлем сложный выбор, ему необходимо решить, останется ли в живых отец Кейси. В ярости Раф сам был готов убить этого подонка, однако сейчас, когда Сплинтер взывает к его разуму мудрыми речами, Рафу предстоит сделать определяющий выбор. Путь насилия или умиротворения. Тем временем Бакстер Стокман оказывается на острове Бёрноу, логове генерала Крэнга. Крэнг раскрывает карты перед ученым и заручается его поддержкой в создании нового оружия.

Из Стокгена вырывается очередной объект чудовищных эксперементов, огромная и агрессивная черепаха. После множества нападений на мирных жителей, в СМИ его прозвали Слэшом и теперь вся полиция города охотится за ним. Но самому существу интересны лишь черепахи, он запрограммирован на их уничтожение учеными под предводительством Бакстера Стокмана.

Черепахи собираются найти себе новое убежище, в свете последних событий оставаться жить на поверхности может быть не безопасно. Донни подыскал заброшенное бомбоубежище под развалившейся церковью и черепахи отправляются туда, осмотреться в новом возможном доме. Но они не подозревают, что по их следам уже идет Слэш. Он настигает братьев в темноте подземелья, с единственной целью, уничтожить.

Таинственные ниндзя нападают на центр в котором проводятся эксперименты по получению мутагена. Они выкрадывают вещество и черепашек, на которых и проводятся исследования. В наши дни, Рафаэль волею судьбы разлученный с братьями, помогает молодому парню Кейси Джонсу избежать побоев от своего отца. Парни быстро находят общий язык и уже собираются на совместную авантюру.

Новые друзья Кейси Джонс и Рафаэль выбираются на рейд по ночным улицам Нью-Йорка с целью выбивания дури всяким проходимцам, промышляющим ночным грабежом. А тем временем братья Рафаэля в очередной раз занимаются патрулированием города в поисках своего пропавшего брата. Между черепахами вспыхивает перепалка по поводу безнадежности поисков, или им все же нельзя опускать руки и необходимо продолжать свое дело?

Выбравшись на улицы Рафаэль в компании с Кейси Джонсом нарываются на банду возглавляемую еще одним мутантом, у которого свои счеты с черепахами. Завязывается ожесточенная потасовка и вот когда кажется, что надежды на победу более нет, помощь приходит с неожиданной стороны. Черепахи наконец находят своего потерянного брата, сражающегося с давним и злейшим врагом. И немедля включаются в драку с уличными бандитами!

Много лет назад, а феодальной Японии жил благородный человек Хамато Йоши. Он был достойным членом клана Фут, однако когда Йоши восстал против воли главы клана Ороку Саки, несущего разрушение всему вокруг, его объявили предателем и тогда началась охота. Также объявив предателями и семью Йоши, его жену и четверых сыновей, Саки принялся исполнить одно неукоснительное положение клана. Предательство карается смертью.

Черепахи становятся невольными свидетелями любопытного противостояния. Незнакомец явно обладающий боевыми искусствами скрывается от двух преследователей из клана Фут. Когда ниндзя настигают свою жертву, завязывается ожесточенный бой. Тем временем Бакстер Стокман, которому нужны ДНК черепах для создания мутагена, создает новое оружие, призванное добыть необходимые ему материалы.

Генерал Крэнг устал ждать какого-либо результата по изготовлению мутагена. Поэтому он решает лично навестить Стокмана, дабы поговорить с ученым по душам и выяснить в чем заключается задержка. Тем временем на жилище черепах нападают орды маузеров под управлением Старого Беса, старого врага черепах и учителя Сплинтера. Героям придется столкнуться с неиссякаемой волной бесчисленных врагов.

Огромная армия маузеров под управлением Старого Беса практически разрушили жилище черепах. Четверо братьев и их отец отбиваются с неистовой яростью, защищая свой дом и своих близких. Однако они постепенно ослабевают под неиссякаемым натиском орд маузеров и вот уже в их обороне проявляется брешь. Главной задачей Беса являятся Сплинтер и он все ближе к тому, чтобы заполучить крысу в свои руки.

Черепахи наконец знакомятся с Эйприл, с той самой девушкой давшей когда-то имена маленьким черепашкам. Девушка в качестве сотрудницы Стокген, помогает братьям и Кейси Джонсу пробраться в лаборатории, в которых по прикидкам черепах могут держать похищенного Сплинтера. Однако когда завязывается драка между черепахами и охранной Стокген, объявляется третья сторона, у которой есть собственные интересы в завязавшемся конфликте.

Рыжая Соня и ее спутник Марсал отправляются в Ванахейм, чтобы выполнить очередное задание Логова Белой Волчицы. В Ванахейме в неприступной крепости окруженной множеством слуг и подручных вояк, обитает могущественная колдунья Хегба. В ее закромах хранится древний и очень ценный артефакт, который и должны добыть Соня и Марсал.

На Метрополис упала капсула, в которой оказался маленький мальчик. Ребенка забирают правительственные службы, они намерены исследовать его, чтобы выяснить что он такое и не несет ли угрозу. Однако у Супермена иные взгляды на мальчишку упавшего с небес и говорящего на криптонском.

Подруга черепах Эйприл стажируется в Стокгене, в том самом месте, которому черепахи и Сплинтер обязаны своим происхождением. Эйприл хочет помочь своим друзьям и проникает на закрытые от посторонних уровни, чтобы достать устройство способное злодеям помочь в обнаружении черепашек. Однако там она находит нечто иное, Стокген продолжает свои эксперименты с мутагеном.

Кейси Джонс становится невольным свидетелем того, как неизвестные личности пытаются выбить денежный долг из его отца. Кейси решает проследить за бандитами и на помощь себе он зовет своего друга Рафаэля. Наблюдение заканчивается потасовкой в которой Кейси и Раф сходятся с подлыми рэкетирами.

Вдохновившись подвигами Бэтмена, одна очень храбрая девушка пытается помогать защитнику Готэма всеми доступными способами. Харпер Роу выходит на улицы Готэма с целью нести справедливость и порядок, однако самому Бэтмену не нравится то, что обычная девушка рискует своей жизнью. Он намерен повлиять на нее, отпугнув от геройства.

В семье Бэтмена произошла потеря и Темный рыцарь пытаясь справиться с болью обрушившейся на него, всего себя отдает патрулированию Готэма. Ведь злодеи не дремлют, им плевать на личные переживания Бэтса, преступления сами себя совершать не будут. На этот раз Бэтмену придется столкнуться с двумя противоположными проблемами. Необходимо усмирить вновь активизировавшегося Глиноликого и разобраться с таинственными исчезновениями людей.

Личные переживания Бэтмена не могут помешать ему защищать город от угроз. Он собирается остановить Глиноликого и упрятать злодея обратно в Аркхэм, где ему самое место. И конечно же разобраться в происхождении таинственного сияния, уже погубившего многих людей. Тяжелый груз утраты давит на него, но Темный рыцарь Готэма никогда не отступит от своего дела, защиты людей.

Первые шаги Бэтмена в качестве защитника Готэма, город уже давно погряз в коррупции и утопает в жестокости многочисленных группировок наводнивших город. Отныне многое должно измениться, Темный рыцарь накрывает своей тенью жестокий город, он готов отдать свою жизнь во имя высшей справедливости. Темный времена Готэма позади...