Герой романа, Михаил Малахов, крупный чиновник, обладающий практически неограниченными полномочиями, в силу ряда обстоятельств оказывается единственным, кто может остановить страшную эпидемию, заставляющую людей совершать массовые немотивированные самоубийства. Одновременно Малахов узнает, что, согласно одной из теорий, эта «серая чума» является своего рода очищающим фактором, уничтожающим исключительно тех индивидумов, что грозят гибелью всему человечеству.